기업체 매매, 구조를 알면 세금이 달라집니다

점포매매가 임대차 승계와 권리금 협상이 중심이라면, 기업체 매매(사업체 매매)는 사업 그 자체 — 매출처, 인력, 재고, 설비, 인허가, 그리고 부채까지 — 를 통째로 이전하는 거래입니다. 거래 금액이 크고 승계 대상이 많은 만큼, 실사(Due Diligence)와 거래 구조 설계가 성패를 가릅니다.

개인사업자의 사업체는 주로 포괄양도양수 방식으로, 법인사업자는 주식양수도 또는 자산양수도 방식으로 거래합니다. 어떤 구조를 택하느냐에 따라 부가가치세·양도소득세·법인세 부담이 완전히 달라지므로, 가격 협상보다 구조 설계를 먼저 해야 합니다.

사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계하는 포괄양도양수는 부가가치세법상 재화의 공급으로 보지 않아, 거래가액의 10%에 달하는 부가세가 발생하지 않습니다. 5억 원 거래라면 5,000만 원의 자금 부담이 사라지는 셈입니다.

다만 일부 자산이나 직원을 제외하고 넘기면 '포괄성'이 깨져 과세로 전환될 수 있습니다. 계약서에 포괄양도양수 계약임을 명시하고, 사업양도신고서를 부가세 확정신고와 함께 제출하며, 제외 자산이 있다면 사전에 세무 전문가의 검토를 받는 것이 안전합니다.

주식양수도는 법인의 주식을 넘겨 경영권을 통째로 이전하는 방식입니다. 매도자는 주식 양도소득세(중소기업 대주주 기준 과세표준 3억 이하 20%, 초과분 25%)만 부담해 대체로 유리하지만, 매수자는 장부에 없는 우발채무(세금 추징·소송·미지급 임금)까지 떠안을 위험이 있습니다.

자산양수도는 필요한 자산만 골라 사는 방식으로, 매수자가 우발채무를 차단하고 자산의 감가상각 기초가액을 시가로 올릴 수 있어 유리합니다. 대신 법인에 법인세가, 주주 배당 시 배당소득세가 이중으로 발생할 수 있습니다. 매도자·매수자의 이해가 상충하는 지점이므로, 세금 차이를 계산한 뒤 가격에 반영해 절충하는 것이 실무입니다.

재무 실사에서는 최근 3개년 재무제표와 부가세·원천세 신고 내역, 주요 매출처 편중도(상위 1개사 의존도 30% 초과 여부), 재고 실사 결과를 확인합니다. 법률 실사에서는 진행 중인 소송, 담보·보증 제공 내역, 임대차·리스 계약의 승계 가능성을 봅니다.

인사 실사도 놓치기 쉽습니다. 4대보험 체납, 퇴직금 충당 부족, 핵심 인력의 이직 리스크는 인수 후 그대로 매수자의 부담이 됩니다. 가치잇다에서는 경영지도사가 증빙 기반 실사로 매물 가치를 검증하며, 회계·세무·법률 검토가 필요한 단계에서는 해당 자격사와 연계해 진행합니다.